業績一覧 | 平成18年度

研究論文, 査読付き会議論文等

【高度計算機技術開発室・グリッド技術開発等】

＜研究論文＞

Y. Shu, K. Furuta “An Inference Method of Team Situation Awareness Based on Mutual Awareness, Cognition” Technology and Work, Vol.7, No.4 PP.272-287

【高度計算機技術開発室・耐震計算科学技術開発】

A. Nishida “Wave propagation properties of frame structures; Formulation for three-dimensional frame structures” JSME International Journal (Series B), Vol.49, No.2 PP.360-367
宮崎明美 “3次元フレーム構造物の波動伝播特性に関する研究; チモシェンコ梁理論の導入” 第52回構造工学シンポジウム構造工学論文集 52B PP.119-124

【高度計算機技術開発室・専用シミュレータ基盤技術開発】

N. Aiba, S. Tokuda, T. Ishizawa, M. Okamoto “Extension of the Newcomb equation into the vacuum for the stability analysis of tokamak edge plasmas” Computer Physics Communications, Vol.175, No.4 PP.269-289

【シミュレーション技術開発室・材料シミュレーション】

M. Machida and S. Sakai “Unified theory for magnetic and electric field coupling in multistacked Josephson junctions” Physical Review B, Vol.70, No.14 PP.144520_1-144520_6
M. Machida and T. Koyama “Structure of a quantized vortex near the BCS-BEC crossover in atomic fermi gas” Physical Review Letters, Vol.94, No.14 PP.14041_1-14041_4
G. J. Carty, M. Machida and D. P. Hampshire “Numerical studies on the effect of normal-metal coatings on the magnetization characteristics of type-II superconductors” Physical Review B, Vol.71, No.14 PP.144507_1-144507_9
A. Hayashi, M. Shiga and M. Tachikawa “Ab initio path integral molecular dynamics simulation study on the dihydrogen bond of NH₄⁺…BeH₂” Chemical Physics Letters, Vol.410 PP.54-58
M. Tachikawa and M. Shiga “Geometrical H/D isotope effect on hydrogen bonds in charged water clusters” Journal of the American Chemical Society, Vol.127, No.34 PP.11908-11909
M. Machida “Effects of edge boundaries on Josephson vortices in finite-size layered high-T_c superconductors” Physical Review Letters, Vol.96, No.9 PP.097002_1-097002_4
M. Machida, S. Yamada, Y. Ohashi and H. Matsumoto “Reply to comment on “Novel superfluidity in a trapped gas of fermi atoms with repulsive interaction loaded on an optical lattice”” Physical Review Letters Vol.95, No.21 PP.218902_1-218902_5
K. Ebihara “Dynamical pressure anisotropy in liquid-gas model of lattice-gas” International Journal of Modern Physics C, Vol.17, No.1 PP.53-64
F. Shimizu, S. Ogata and J. Li “Yield point of metallic glass” Acta Materialia, Vol.54, No.16 PP.4293-4298
K. Ebihara and H. Kaburaki “Lattice boltzmann simulation of solution chemistry for crevice corrosion” Mathematics and Computers in Simulation, Vol.72 PP.117-123
K. Muraoka et al. “A Model for striation formation in ac PDP discharges” Journal of Physics D; Applied Physics, Vol.39 No.10 PP.2135-2139
M. Machida and T. Koyama “Time-dependent ginzburg-landau theory for atomic fermi gasses near the BCS-BEC crossover” Physical Review A, Vol.74 No.3 PP.033603_1-033603_6
M. Machida, Y. Ohashi and T. Koyama “Microscopic structure of a quantized vortex core in atomic fermi gases” Physical Review A, Vol.74 No.2 PP.023621_1-023621_5
山田進, 今村俊幸, 町田昌彦 “量子大規模固有値問題における共役勾配法の収束性; 適応的シフト前処理の収束性の評価” 日本計算工学会論文集（インターネット）2006 巻 27 号
T. Kuchitsu, M. Tachikawa and M. Shiga “Attosecond electron dynamics with linear combination of floating Gaussian type basis function” Chemical Physics Letters, Vol.433 PP.193-198
A. Hayashi, M. Shiga and M. Tachikawa “H/D isotope effect on the dihydrogen bond of NH₄⁺･BeH₂ by ab initio path integral molecular dynamics simulation” Journal of Chemical Physics, Vol.125 No.20 PP.204310_1-204310_7
M. Yamaguchi, M. Shiga and H. Kaburaki “Grain boundary decohesion by sulfur segregation in ferromagnetic iron and nickel; A First-principles study” Materials Transactions, Vol.47 No.11 PP.2682-2689
M. Machida et al. “Direct numerical simulations for non-equilibrium superconducting dynamics and related neutron detection in MgB₂” Physica C, Vol.426-431 No.1 PP.169-173
M. Machida et al. “Josephson half-quantized vortices in long square π junctions around d-dot” Physica C, Vol.426-431 No.2 PP.1566-1571
M. Machida et al. “Direct numerical simulation on non-equilibrium superconducting dynamics after neutron capture in MgB₂ superconductor” Nuclear Instruments and Methods in Physics Research A, Vol.559 No.2 PP.594-596
M. Machida, T. Koyama and Y. Ohashi “Vortex structure from BCS to BEC Superfluid” Physica C, Vol.437-438 PP.190-194
S. Yamada, T. Imamura and M. Machida “16.447 Tflops and 159-billion-dimensional exact-diagonalization for trapped fermion-hubbard model on the earth simulator” Proceedings of International Conference for High Performance Computing, Networking and Storage (SC '05) (CD-ROM)
S. Ogata et al. (F. Shimizu) “Atomistic simulation of shear localization in Cu-Zr bulk metallic glass” Intermetallics, Vol.14 PP.1033-1037
M. Machida et al. “On-site pairing and microscopic inhomogeneneity in confined lattice fermion systems” Physical Review A, Vol.74, No.5 PP.053621_1-053621_6
T. Kadoyoshi et al. “Molecular dynamics study on the formation of stacking fault tetrahedra and unfaulting of Frank loop in FCC metals” Acta Materialia (in press, Available online 7 March 2007)
A. Hayashi, M. Shiga and M. Tachikawa “H/D isotope effect of dihydrogen bond by ab initio path integral molecular dynamics simulation” Molecular Simulation, Vol.74, No.1-2 PP.185-188
M. Shiga and M. Tachikawa “Ab initio quantum mechanical/molecular mechanical molecular dynamics using multiple-time-scale approach and perturbation theory” Molecular Simulation, Vol.74, No.1-2 PP.174-184
T. Watanabe “Oscillation and rotation of levitated liquid droplet” Proceedings of European Conference on Computational Fluid Dynamics (ECCOMAS CFD 2006) (CD-ROM)
M. Machida, T. Koyama and Y. Ohashi “Vortex microscopic structure in BCS to BEC fermi superfluids” Physica C, Vol.460-462, No.1 PP.275-276
M. Machida and T. Koyama “Collective dynamics of macroscopic quantum tunneling in layered high-T_c superconductors” Superconductor Science and Technology, Vol.20, No.2 PP.S23-S27
M. Machida and T. Koyama “Collective macroscopic tunneling in intrinsic josephson junctions” Physica C, Vol.460-462, No.1 PP.289-292
S. Yamada et al. “Strong pairing and microscopic inhomogeneity of lattice fermion systems” Physica C, Vol.463-465, PP.103-106
M. Machida and T. Koyama “Theory for collective macroscopic tunneling in high-T_c intrinsic Josephson junctions” Physica C Vol.463-465, PP.84-88

【シミュレーション技術開発室・生命情報解析】

K. Yura et al. “Alternative splicing in human transcriptome; Functional and structural influence on proteins” Gene, Vol.380, No.2 PP.63-71
J. Takeda et al. “Large-scale identification and characterization of alternative splicing variants of human gene transcripts using 56 419 completely sequenced and manually annotated full-length cDNAs” Nucleic Acids Research, Vol.34, No.14 PP.3917-3928
K. Yura, S. Yamaguchi and M. Go “Coverage of whole proteome by structural genomics observed through protein homology modeling database” Journal of Structural and Functional Genomics, Vol.7, No.2 PP.65-76
A. Matsumoto and W. K. Olson “Effects of sequence, cyclization, and superhelical stress on the internal motions of DNA” Normal Mode Analysis; Theory and Applications to Biological and Chemical Systems PP.187-211
O. T. P. Kim, K. Yura and N. Go “Amino acid residue doublet propensity in the protein-RNA interface and its application to RNA interface prediction” Nucleic Acids Research, Vol.34, No.22 PP.6450-6460
H. Ishida et al. “Conformational analysis of the structure of ribosome fit into electron microscopy density maps with normal mode analyses and molecular dynamics simulations” Proceeding of 16th International Microscopy Congress
A. Matsumoto and W. K. Olson “Predicted effects of local conformational coupling and external restraints on the torsional properties of single DNA molecules” Multiscale Modeling & Simulation, Vol.5 No.4 PP.1227-1247
M. Go, K. Yura and M. Shionyu “Contribution of computational biology and structural genomics to understand genome and transcriptome” Proceedings of International Symposium on Frontiers of Computational Science, PP.75-80

国際会議, 国内会議での発表等

【高度計算機技術開発室・グリッド技術開発】

中島憲宏 “ネットワークコンピューティングにおけるデータ操作と効率的通信手段及びデータセキュリティ管制手段” 東洋大学文部科学省対私学プロジェクト; 計算力学研究センター外部評価会
鈴木喜雄他 “原子力プラントのための耐震情報管制システム構想, 1; 原子力グリッド基盤(AEGIS)の構築” 日本原子力学会 2006年秋の大会
井戸村泰宏 “Large scale simulations of turbulent fusion plasmas” 21st International Supercomputer Conference (ISC 2006)
N. Kushida et al. “Interoperability establishment between UNICORE and ITBL” 9th HLRS Metacomputing and Grid Workshop/10th Anniversary of HLRS
J. Suzuki (T. Aoyagi et al.) “Object oriented data analysis environment for neutron scattering” 6th New Opportunities for Better User Group Software (NOBUGS 2006)

【高度計算機技術開発室・耐震計算科学技術開発】

中島憲宏 “ITBLを利用した大規模地震を想定した原子力プラントの耐震シミュレータ” 日本原子力学会 2006年春の年会
井田真人 “気泡間相互作用の効果について” キャビテーションに関するシンポジウム (第13回)
井田真人, 大島伸行 “フィルタード・ナヴィエ・ストークス方程式の数値不安定性について” 第11回日本計算工学講演会
R. Tian “Part/component-based large-scale finite element analysis; Discontinuous meshes stitching up” 7th World Congress on Computational Mechanics (WCCM-2006)
中島憲宏 “原子力機構におけるシミュレーション研究; 3次元仮想振動台の研究開発を中心として” 第25回原子力委員会定例会議
井田真人 “体積振動する気泡の位相特性と相互作用力に関する補足的検討” 日本流体力学会年会2006
宮崎明美, 鈴木喜雄, 松原仁, Tian, R., 羽間収, 谷正之, 中島憲宏 “原子力プラントのための耐震情報管制システム構想, 2; 組立構造解析による3次元仮想振動台の構築” 日本原子力学会 2006年秋の大会
N. Nakajima et al. “Deployment of computational science in nuclear engineering and science with HPC and network technology” International Conference for High Performance Computing, Networking, Storage and Analysis (SC '06)
M. Ida “On the transition frequencies of acoustically coupled gas bubbles” 2006 APS Division of Fluid Dynamics 59th Annual Meeting (DFD '06)
篠原主勲, 奥田洋司, 伊東聰, 中島憲宏, 井田真人 “揚力を最大化するための随伴変数法による形状最適化” 第20回数値流体力学シンポジウム

【高度計算機技術開発室・専用シミュレータ基盤技術開発】

松岡浩, 菊池範子 “パッケージフローモデルによる原子炉システム過渡挙動の直感的理解法” 日本機械学会 2006年度年次大会

【シミュレーション技術開発室・材料シミュレーション】

J. Li, F. Shimizu, S. Ogata and H. Kaburaki “Approaching the universal yield point of bulk metallic glasses from molecular dynamics simulations” 135th Annual Meeting & Exhibition (TMS 2006)
M. Shiga and M. Tachikawa “Accelerating combined quantum mechanical/molecular mechanical molecular dynamics using multiple-time-scale approach combined with perturbation theory” Symposium on Progress and Future Prospects in Molecular Dynamics Simulation
海老原健一, 鈴土知明, 蕪木英雄, 高井健一 “昇温脱離法による水素放出プロファイルの数値モデリング” 「材料中の水素状態分析法標準化の基盤構築」フォーラム
山田進, 今村俊幸, 町田昌彦 “固有値計算に対する適応的シフト前処理付き共役勾配法の収束性” 日本応用数理学会環瀬戸内応用数理研究部会第10回シンポジウム
渡辺正 “液滴の振動周波数に及ぼす振幅と回転の影響” 日本機械学会 2006年度年次大会
H. Kaburaki et al. “Microscopic simulations on the hardening and embrittlement of materials” International Symposium on Fusion Reactor Materials Development
T. Suzudo et al. “Three-dimensional meso-scale Monte-Carlo simulation of the growth of bubbles” International Symposium on Fusion Reactor Materials Development
山口正剛 “第一原理計算による粒界脆化の研究” 日本金属学会 2006年秋期(第139回)大会
山口正剛, 志賀基之, 蕪木英雄 “第一原理計算による金属における粒界脆化の研究” 日本原子力学会 2006年秋の大会
M. Shiga “Accelerating QM/MM molecular dynamics using multiple-time-scale approach and perturbation theory” Gordon Research Conference on Computational Chemistry
志賀基之, 立川仁典 “多重時間スケール法を取り入れたab initio QM/MM分子動力学” 日本化学会分子構造総合討論会(2006)
M. Machida “Confinement effects for Josephson vortices in layered high-T_c superconductors” International Workshop on Mesoscopic Superconductivity and Magnetism (MesoSuperMag 2006)
蕪木英雄 “格子欠陥の分子動力学” 第55期第2回日本材料学会分子動力学部門委員会
町田昌彦, 山田進, 大橋洋士, 松本秀樹 “フェルミオン光学格子で普遍的に見られる非一様な基底状態” 日本物理学会 2006年秋季大会 (物性)
町田昌彦, 小山富男 “高温超伝導体・固有ジョセフソン接合における巨視的トンネル効果; 集団的特性, 1” 日本物理学会 2006年秋季大会 (物性)
清水大志, 尾方成信, J. Li “金属ガラスにおけるせん断帯進展の大規模分子動力学シミュレーション” 第50回日本学術会議材料工学連合講演会
山口正剛, 西山裕孝, 蕪木英雄 “Iron grain boundary decohesion by phosphorous segregation; A First-principles study” 13th Meeting of the International Group on Radiation Damage Mechanisms in Pressure Vessel Steels (IGRDM-13)
佐々成正 “極低温原子気体における非線形ダイナミクス” 九州大学応用力学研究所平成18年度共同利用研究集会「非線形波動現象における基礎理論, 数値計算及び実験のクロスオーバー」
S. Yamada et al. “High-performance computing for exact numerical approaches to quantum many-body problems on the earth simulator” International Conference for High Performance Computing, Networking, Storage and Analysis (SC '06)
山田進, 今村俊幸, 町田昌彦 “量子多体問題における自由度の壁とそれを越える並列対角化アルゴリズムの開発; 地球シミュレータ上での超並列量子計算の現状” 京都大学数理解析研究所研究集会「数値シミュレーションを支える応用数理」
J. Li, F. Shimizu and S. Ogata “Size effects in metallic glass” Materials Research Society 2006 Fall Meeting
M. Machida “Numerical simulations for Abrikosov and Josephson vortices” International Autumn Seminar on Nanoscience and Engineering in Superconductivity for Young Scientists
M. Yamaguchi et al. “The Effects of various segregated solutes on the embrittlement of bcc Fe grain boundaries by the first-principles calculation” Materials Research Society 2006 Fall Meeting
T. Suzudo, H. Kaburaki and M. Itakura “Mesoscopic simulation of fuel-material behaviors under irradiation; A Computer modeling on the bubble growth in UO₂ fuel” New Cross-over Project Workshop-3
J. Li, F. Shimizu and S. Ogata “Yield point of metallic glass” 136th Annual Meeting & Exhibition (TMS 2007)
F. Shimizu, S. Ogata and J. Li “Large-scale molecular dynamics simulation of shear band propagation in metallic glass” 136th Annual Meeting & Exhibition (TMS 2007)
山口正剛, 西山裕孝, 蕪木英雄 “BCC鉄粒界のリン偏析による凝集エネルギー低下” 軽水炉材料研究会

【シミュレーション技術開発室・生命情報解析】

安達基泰, 玉田太郎, 佐藤勝也, 由良敬, 鳴海一成, 黒木良太 “放射線抵抗性細菌デイノコッカス由来の新規なDNA修復促進蛋白質PprAのDNAとの相互作用解析” 第6回日本蛋白質科学会年会
O. T. P. Kim, K. Yura and N. Go “Structure-based bioinformatics analyses and a prediction method of protein-RNA interfaces” 20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology and 11th FAOBMB Congress
M. Shionyu et al. “Systematic detection of protein regions affected by alternative splicing” 20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology and 11th FAOBMB Congress
由良敬 “生体超分子構成タンパク質にみられる相互作用の様式” 第6回日本蛋白質科学会年会
由良敬 “タンパク質立体構造情報にもとづく機能推定; RNA結合タンパク質推定を中心に” 文部科学省タンパク3000プロジェクト; 第5回産学連携フォーラム in 仙台
由良敬, 郷通子 “真核生物遺伝子産物の多様性を生み出している選択的スプライシングのタンパク質立体構造への影響” 日本進化学会2006年大会
松本淳 “生体超分子の電子顕微鏡像へのX線結晶構造のあてはめ手法の開発” 特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第2回ワークショップ
松本淳 “電子顕微鏡像に基づくリボソームの立体構造解析” 特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第2回公開シンポジウム
A. Matsumoto “Predicted effects of local conformational coupling and external restraints on the torsional properties of single DNA molecules” 5th East Asian Biophysics Symposium & 44th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
O. Kim, K. Yura and N. Go “Computational analyses of amino acid residue propensity in protein-RNA interfaces and prediction methods for the interfaces” 5th East Asian Biophysics Symposium & 44th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
K. Nakamura, K. Yura and N. Go “Prediction of metal-binding sites from high-throughput metalloproteomics data” Pacific Symposium on Biocomputing 2007 (PSB 2007)
A. Matsumoto “Structural analysis of ribosome based on the elastic network normal mode analysis” Biophysical Society 51th Annual Meeting

技術雑誌・研究報告書・技術報告書等での発表

志賀基之 “水の比熱; 経路積分分子動力学法によるアプローチ” アンサンブル, 7巻, 2号
中島憲宏 “ネットワークコンピューティングにおけるデータセキュリティ管制手段の考察” 東洋大学計算力学研究計算センター年報
中島憲宏 “ネットワークコンピューティングにおけるデータ操作と効率的通信手段の考察” 東洋大学計算力学研究計算センター年報
由良敬 “生体関連分子, タンパク質, タンパク質の構造変化, RNA, DNA, コンタクトマップ, DALI, 組合せ拡張法” バイオインフォマティクス辞典
中島憲宏, 新谷文将, 平山俊雄 “原子力機構における計算科学の展開; 進むシミュレーション研究開発” 原子力eye, 52巻, 10号
町田昌彦, 小山富男 “Vortex structure and dynamics in fermi superfluids; From weakly BCS to strongly-coupled BEC superfluid” Proceedings of Ryukoku Workshop on Mathematical Aspects of Pattern Formation and Dynamics in Dissipative Systems
羽間収, 鈴木喜雄, 松原仁, Tian, R., 西田明美, 谷正之, 中島憲宏 “Towards construction of a numerical testbed for nuclear power plants” Proceedings of 7th MpCCI User Forum
山口正剛, 西山裕孝, 志賀基之, 蕪木英雄, 松澤寛 “Impurity-induced decohesion in iron grain boundary; A First-principles study” Proceedings of 3rd International Conference on Multiscale Materials Modeling
篠原主勲, 奥田洋司, 伊東聰, 中島憲宏, 井田真人 “随伴変数法による配管形状最適化” 日本応用数理学会 2006年度年会講演予稿集
篠原主勲, 奥田洋司, 伊東聰, 中島憲宏, 井田真人 “Shape optimization using an adjoint variable method in ITBL grid environment” Proceedings of 14th International Conference on Nuclear Engineering (ICONE-14) (CD-ROM)
高瀬和之, 吉田啓之, 柴田光彦, 北村竜明, 久米悦雄, Zhe, X. “液膜挙動に及ぼす燃料棒曲がりの影響” 日本機械学会流体工学部門講演会講演論文集
Y. Suzuki et al. “Interoperability between UNICORE and ITBL” Proceedings of 7th International Meeting on High Performance Computing for Computational Science (VECPAR’ 06)/Workshop on Computational Grids and Clusters (WCGC’06) (CD-ROM)